عاد الشيخ محمد أبو بكر، من أئمة وزارة الأوقاف، إلى العمل مجددا في وظيفة إمام وخطيب ومدرس بوزارة الأوقاف بعد قرار استبعاده من الخطابة منذ عدة سنوات.
ونشر محمد أبو بكر، على صفحته الرسمية على فيس بوك قائلا (يسعدني ويشرفني أن أتقدم بخالص الشكر والتقدير والامتنان للدكتور أسامة الأزهري وزير الأوقاف والشيخ خالد خضر رئيس القطاع الديني بوزارة الأوقاف على التكرم والتفضل بإصدار قرار عودتي إماماً وخطيباً ومدرساً بالوزارة واللسان يعجز عن الشكر سائلا المولى العلي القدير أن يستخدمني ولا يستبدلني وان يحفظ مصر واهلها من كل سوء وشر ومكروه).
كان الشيخ محمد أبو بكر، قد عمل إماما لمسجد السلطان أبو العلا، وانتقل إلى مسجد السيدة زينب رضي الله عنها، ثم أحيل إلى لجنة القيم بوزارة الأوقاف، في مايو 2020 بسبب آراءه التي تثير البلبلة ومن ذلك الحين تحول إلى وظيفة باحث دعوة بمديرية أوقاف القاهرة.
واستبعد محمد أبو بكر من العمل الدعوي وكذلك من الصعود إلى المنابر بمساجد الأوقاف بسبب آرائه الشاذة وفقا لما قررته لجنة القيم بوزارة الأوقاف في عهد الوزير السابق الدكتور محمد مختار جمعة.