حدد قانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية، عدة ضوابط و إجراءات لحماية المياه من التلوث .

في هذا الصدد، نص القانون على أنه مع عدم الإخلال بما ينص عليه أى قانون آخر، يحظر إلقاء أو تصريف المواد السامة أو المشعة أو الكيميائية أو البترولية أو زيوت ومخلفات ونفايات السفن أو فضلات المعامل أو المصانع أو مياه الصرف الصحى غير المعالجة فى مياه البحيرات والمياه الإقليمية .

وحظر القانون إلقاء أو وضع أجسام صلبة أو غيرها مما يعوق عمليات الصيد فى المناطق المخصصة لذلك، كما يحظر زراعة البوص أو النباتات الريزومية أو غيرها فى مناطق الصيد أو ردم أجزاء منها.

كما يحظر إدخال أى كائنات مائية أجنبية أو بويضاتها أو يرقاتها إلى البلاد لأى غرض من الأغراض إلا بترخيص من الجهاز، وتحدد اللائحة التنفيذية ضوابط وشروط وإجراءات إصدار الترخيص .

كما حظر صيد أو جمع أو نقل أو حيازة زريعة الأسماك والسلاحف البحرية والثدييات البحرية من البحر أو البحيرات، أو المسطحات المائية الأخرى أو العبث بأماكن وجودها وتكاثرها.

وتحدد اللائحة التنفيذية ضوابط وشروط وإجراءات منح التصريح.