حدد قانون إنشاء وتنظيم المجلس الصحي المصري ، عدة اختصاصات للمجلس الصحي المصري.

حيث نصت المادة 7 من القانون على ان يختص مجلس الأمناء برسم السياسة العامة للمجلس وإقرار الخطط الرئيسية المتعلقة بتنفيذها، وله أن يتخذ ما يلزم من القرارات لتحقيق أهدافه وفقًا لأحكام هذا القانون ، وله علي الأخص ما يأتي :

1- اعتماد الخطة العامة والسنوية لعمل المجلس ، والبرامج الكفيلة بتوفير الإمكانات اللازمة لتحقيق أهدافه اتساقًا مع السياسة العامة للدولة .

2- اعتماد الآليات اللازمة والمستمرة للتقييم لمدي جدوي الخطط الموضوعة لتنفيذ أهـداف المجلـس .

3- إصدار اللوائح المـالية والإدارية والفنية ولوائح شئون العاملين والتعاقدات والمشتريات وغيرها من النظم الداخلية المتعلقة بالمجلس ، والتي يقترحها مجلس الإدارة ، وذلك دون التقيد بالقوانين أو اللوائح أو القـرارات المعمول بها في الجهاز الإداري للدولة أو أي جهة أخري .

4- إصدار قرارات إنشاء فروع للمجلس .