مازال دير سانت كاترين يبوح بأسرار لا يعرفها زواره وهناك ممرات و دهاليز لا يعرف إلا الرهبان الذين يعيشون فيه تلك الممرات و الدهاليز التي كان الحيل الدفاعية عن الرهبان إذا ما تعرض الدير للهجوم في العصور القديمة .
وقال خبير الآثار الدكتور عبد الرحيم ريحان عضو المجلس الأعلى للثقافة لجنة التاريخ والآثار إلى أن دير سانت كاترين يتضمن مواقع غير معروفة لزوار الدير تتضمن ممرات سرية وأخرى جانبية وغيرها
مشيىرا إلي أنه أنشأ الدير الإمبراطور جستنيان لإحياء ذكرى زوجته ثيودورا عام 560م، وتاريخ وفاة ثيودورا هو 548م، ووفاة جستنيان 565م ، وكانت ثيودورا الزوجة المحببة لجستنيان وشاركت فى كثير من أمور الحكم وكانت مهتمة بالمناطق الشرقية من الإمبراطورية وحرصت على إقامة علاقات سلمية معهم ، ويتضح من نقش رقم 3 من عوارض سقف كنيسة التجلى أن مهندس بناء الدير هو اسطفانوس من أيلة "العقبة حاليًا" ( أيها الرب الذى تجليت برؤيتك فى هذا المكان احفظ وارحم عبدك اسطفانوس من أيلة بانى هذا الدير

ويضيف الدكتور ريحان بأن هناك بوابة رئيسية للدير كانت بالجدار الشمالى الغربى فوقها نصب يعود إلى عصر الإنشاء فى القرن السادس الميلادى وقد تم إغلاق هذه البوابة بكتل الجرانيت فى العصور الوسطى.

وكان يتم الدخول إلى الدير عن طريق نفق تحت الأرض يؤدى إلى الحديقة مازال موجود حتى الآن، يدخل له من باب خلف باب الدير بالجدار الشمالى الغربى، وفى نهاية القرن التاسع عشر الميلادى فتحت البوابة التى مازالت مستعملة حتى الآن، عرضها متر واحد وارتفاعها 1.5م تؤدى إلى ممر ضيق وثلاثة أبواب متتالية من الخشب المصفح بالحديد خلف الباب الأول باب غير مرئى للزوار يؤدى إلى نفق سرى إلى حديقة الدير ممر الجدار الشمالى الشرقى.

وأشار الدكتور ريحان إلى ممر هام خلف الجدار الشمالى الشرقى للدير البالغ طوله 88م، ارتفاعه 10م وبه بوابة المصعد التى تعود إلى القرن السادس عشر الميلادى ويتم الوصول إليها بسلسلة كانت تعلق فى حبل، وكانت هذه هى الطريقة الطبيعية لدخول الزوار للدير حتى منتصف القرن التاسع عشر الميلادى، ثم أصبحت تستخدم فى الأحمال الثقيلة فقط وأعيد بناء بوابة المصعد تمامًا عام 1860م مع تجديد الجدار الشمالى الشرقى ورممت حديثًا بعد حريق عام 1971م، ومن داخل الدير ما يزال البرج يحتفظ بالتخطيط الأصلى منذ القرن السادس الميلادى شاملًا الدراوى العلوية والممر الداخلى.
ممرات خلف الأسوار
يوجد خلف الجدار الشمالى الشرقى بقايا لدرج يؤدى إلى قلايا بالدور العلوى وخلف الركن الجنوبى الغربى من الجدار بقايا مخزن قمح وهو بناء ذو شكل مربع بمجموعة سلالم فى كل جانب ولكنه لم يستكمل، ويوجد ممر مقبى خلف بهو مدخل الدير بالجدار الشمالى الغربى يؤدى إلى درج هابط إلى كنيسة التجلى، كما يوجد ممر جانبى شمال بهو المدخل به درج يؤدى إلى الجزء العلوى من الدير حيث يظهر تعانق مئذنة الجامع الفاطمى مع برج كنيسة التجلى، وكذلك منطقة المصعد واستراحة الدير التى استقبل فيها رهبان الدير الرئيس السادات، كما يوجد ممر جنوب كنيسة التجلى يؤدى إلى منطقة الخدمات خلف الكنيسة وقاعة الطعام القديمة
وهناك ممر مقبى بوسط الدير يؤدى إلى مساكن الرهبان وأسفلها مخبز الدير، وممر مقبى إلى المنطقة جنوب الدير المتواجد بها كنيسة قديمة من القرن السادس الميلادى ومكتبة الدير
البرج القديم.

ونوه الدكتور ريحان إلى وجود برج صغير يقع بوسط الدير جنوب غرب كنيسة التجلى يتكون من مداميك من كتل الجرانيت الغير مشذب ويربط بينها أحجار مسطحة توضع بين المداميك، يصعد إليه عبر ممر مقبى بدرج يؤدى إلى نهاية الممر، وهو من بقايا البرج الصغير التى أنشأته الإمبراطورة هيلانة أم الإمبراطور قسطنطين فى القرن الرابع الميلادى مع الكنيسة التى أنشأتها فى حضن شجرة العليقة الملتهبة والموجودة حتى الآن داخل كنيسة التجلى وكل من يدخلها يخلع نعليه تأسيًا بنبى الله موسى.
ووجدت طريقة البناء هذه فى كنيسة المدينة بتل المحرض بوادى فيران التى تعود إلى القرن الرابع أو الخامس الميلاديين والتى تمثل أسلوب البناء المحلى، لذلك فبدون شك أن بناء البرج يعود إلى تاريخ ما قبل جستنيان, وسمك جدران البرج الحالى ما بين 100-110سم وقاعدته مربعة.
والتخطيط الداخلى للبرج بدون الإضافات التالية من مبنى مكون من جزئين بحجمين مختلفين، الأكبر فى الشمال و له باب بجانبه الشمالى استخدم مدخلًا، وفى الجدار الأوسط باب آخر يصل القسمين أضيف فى فترة لاحقة، والارتفاع الحقيقى للبرج غير معلوم و يحتمل أنه كان ثلاثة طوابق، الجزء العلوى من البرج ذو سقف مسطح محاط بدراوى، ويعتبر الحصن داخل سور الدير هو الملاذ الأخير بالنسبة لأمن الرهبان وسلامتهم داخل الدير إذ أن معظم الأديرة تعرضت خلال القرون الثلاثة قبل الفتح الإسلامى لمصر لخطر غارات قطّاع الطرق.