قال الكاتب والروائي يوسف زيدان، إنه يوجد نقاط خلافية بين أعضاء مؤسسة تكوين، ولكن المتفق عليه كبير، وهذا ما يجمعنا، والمؤسسة لم تقترب من التفسير أو علوم الدين.

وأضاف يوسف زيدان، خلال حواره مع الإعلامي خالد أبو بكر، ببرنامج "كل يوم" المذاع على قناة "ON"، لدي خلافات مع إبراهيم عيسى بسبب العلمانية، وهناك خلافات أيضًا مع إسلام البحيري وانزعجت بسبب هجومه على الإمام البخاري وأحمد ابن حنبل، وقلت ذلك في وقته، ولم يعجبني".