تقع الكنيسة المعلقة في حي مصر القديمة، في منطقة القاهرة القبطية الأثرية الهامة، فهي على مقربة من جامع عمرو بن العاص، ومعبد بن عزرا اليهودي، وكنيسة القديس مينا بجوار حصن بابليون، وكنيسة الشهيد مرقوريوس (أبو سيفين)، وكنائس عديدة أخرى.

سميت بالمعلقة لأنها بنيت على برجين من الأبراج القديمة للحصن الروماني(حصن بابليون)، ذلك الذي كان قد بناه الإمبراطور تراجان في القرن الثاني الميلادي، وتعتبر المعلقة هي أقدم الكنائس التي لا تزال باقية في مصر.

القلعة الرومانية في القاهرة القبطية (القاهرة القديمة)؛ صحنها معلق فوق ممر، يتم الاقتراب من الكنيسة من خلال تسع وعشرين درجة؛ أطلق عليها الرحالة الأوائل إلى القاهرة اسم «كنيسة الدرج ارتفع سطح الأرض بنحو ستة أمتار منذ العصر الروماني، لذلك فإن معظم البرج الروماني مدفون تحت الأرض، مما يقلل من التأثير البصري لموقع الكنيسة المرتفع.

المدخل من الشارع هو من خلال بوابات حديدية تحت قوس حجري مدبب. ثم تُرى واجهة القرن التاسع عشر ذات الأبراج المزدوجة الجرس خارج فناء ضيق مزين بتصاميم فنية توراتية حديثة. أعلى الدرجات ومن خلال المدخل يوجد فناء صغير آخر يؤدي إلى الشرفة الخارجية للقرن الحادي عشر

بنيت الكنيسة على أنقاض مكان يقال أنه احتمت فيه العائلة المقدسة (السيدة مريم العذراء، المسيح الطفل، والقديس يوسف النجار) أثناء الثلاث سنوات التي قضوها في مصر هروبا من هيرودس حاكم فلسطين الذي كان قد أمر بقتل الأطفال تخوفا من نبوءة وردته. والبعض يرى أنها مكان لقلاية (مكان للخلوة) كان يعيش فيها أحد الرهبان النساء، في واحد من السراديب الصخرية المحفورة في المكان

جددت الكنيسة عدة مرات خلال العصر الإسلامي مرة في خلافة هارون الرشيد حينما طلب البطريرك الأنبا مرقس من الوالي الإذن بتجديد الكنيسة. ومرة في عهد العزيز بالله الفاطمي الذي سمح للبطريرك إفرام السرياني بتجديد كافة كنائس مصر، وإصلاح ما تهدم. ومرة ثالثة في عهد الظاهر لإعزاز دين الله. كانت مقرا للعديد من البطاركة منذ القرن الحادي عشر، وكان البطريرك خريستودولوس هو أول من اتخذ الكنيسة المعلقة مقرا لبابا الإسكندرية، وقد دفن بها عدد من البطاركة في القرنين الحادي عشر والثاني عشر، ولا تزال توجد لهم صور وأيقونات بالكنيسة تضاء لها الشموع، وكانت تقام بها محاكمات الكهنة، والأساقفة، ومحاكمات المهرطقين فيها أيضا، وتعتبر مزارا هاما للـأقباط، نظرا لقدمها التاريخي، وارتباط المكان بالعائلة المقدسة، ووجودها بين كنائس وأديرة لـقديسين أجلاء، فتسهل زيارتهم

الكنيسة المعلقة هي أشهر كنيسة قبطية مسيحية في القاهرة، وربما أول كنيسة بنيت على الطراز البازيليكي.

الكنيسة هي موقع العديد من الظهورات المريمية المبلغ عنها. ويقال إنها قد ظهر في حلم لبابا إبراهيم في 970s في قصة كيف المقطم جبل تم نقله بواسطة إيمان سمعان تانر.