نظم قانون التأمين الصحي الشامل، ضوابط الحصول على الإجازات والإعارات، حيث نص القانون على أن يتحمل المؤمن عليه حصته وحصة صاحب العمل عن مدد الإعارات الداخلية أو الخارجية، والإجازات الخاصة أو الدراسية، غير مدفوعة الأجر، ويقوم بتوريدها مباشرة للهيئة عدا:

1- الإجازات الخاصة برعاية الطفل طبقا لما هو وارد بقانون الطفل الصادر بالقانون رقم 12 لسنة 1996

2- البعثات والإجازات الدراسية والمهام العلمية الممنوحة وفقا لأحكام قانون تنظيم شئون البعثات والإجازات الدراسية والمنح رقم 112 لسنة 1959، أو قانون تنظيم الجامعات الصادر بالقانون رقم 49 لسنة 1972، فتتحمل الجهة الموفدة أو المبعوث أو الدارس لحصة العامل وصاحب العمل وذلك بحسب الأحوال.

3- الإعارة لوحدات الجهاز الإداري بالدولة فتتحمل الجهة المستعيرة حصة صاحب العمل.

وطبقا للقانون، تضمن المنشأة الخاصة، بجميع عناصرها المادية والمعنوية في أي يد كانت، كامل مستحقات الهيئة، ويعتبر من آلت إليه ملكية المنشأة لأي سبب مسئولا عن الوفاء بجميع الالتزامات المستحقة عليها للهيئة، وفق أحكام القانون المدني وذلك في حدود قيمة ما آل إليه من ملكية المنشأة.

وتعفى جميع أموال الهيئات الثلاث المنشأة بموجب هذا القانون الثابتة والمنقولة، وجميع عملياتها الاستثمارية وعوائدها أيا كان نوعها، من جميع الضرائب والرسوم بما في ذلك الضريبة على القيمة المضافة، كما تعفى العمليات التي تباشرها الهيئة من الخضوع لأحكام القوانين الخاصة بالإشراف والرقابة على هيئات وشركات التأمين.

كما تعفى الاستمارات والمستندات والبطاقات والعقود والمخالصات والشهادات والمطبوعات وجميع المحررات التي يتطلبها تنفيذ هذا القانون من الرسوم.

ويكون لكل هيئة من الهيئات الثلاث المنشأة بموجب هذا القانون موازنة مستقلة، وتبدأ السنة المالية لكل منها مع بداية السنة المالية للدولة وتنتهي بنهايتها، ويكون لكل منها حساب خاص ضمن حساب الخزانة الموحد بالبنك المركزي تودع فيه أموالها، ويرحل فائض هذه الحسابات من سنة إلى أخرى.

وتستحق الهيئة عائدا سنويا عن أموالها يساوي متوسط العائد على أذون الخزانة المصدرة في ذات العام، ولا يكون الصرف من أموالها إلا بموافقة مجلس إدارتها.