تمتلك كلية الآثار جامعة القاهرة متحفا عريقا؛ حيث تحققت أولى خطى إنشاء هذا المتحف وذلك بتأسيس قسم لدراسة الآثار المصرية القديمة وكلية الآداب ثم أضيف قسما آخر لدراسة الآثار الإسلامية عام 1933، حيث يضم المتحف أكثر من ألف قطعة يرجع تاريخها من فترة ما قبل التاريخ وحتى العصر اليوناني الروماني ولقد تم عرضها طبقاً لنوع الأثر والتسلسل الزمني. وأغلب هذه القطع هي نتاج حفائر قامت بها كلية الآداب ثم كلية الآثار في عده مناطق مثل: ( تونة الجبل) تحت أشراف ( الدكتور سامي جبر)، ( منطقة الجيزة) تحت أشراف كل من ( الدكتور سليم حسن ، الدكتور عبد المنعم أبو بكر)، ( ثم منطقة هليوبوليس) تحت إشراف: (الدكتور عبدالعزيز صالح) .
ومن أهم مجموعات المتحف مجموعة من أدوات الظران التي ترجع إلى العصر الحجري الحديث - مجموعة من التماثيل الحجرية ذات أوضاع مختلفة ترجع للدولة القديمة - مجموعة من الأواني الكانوبية لحفظ الأحشاء وترجع للدولة القديمة - مجموعة من اللوحات الحجرية يشتمل بعضها على مناظر تقدمة القرابين وترجع إلى عصر الدولة الحديثة - مجموعة من أدوات ومستلزمات الزينة ترجع إلى العصر المتأخر - مجموعة من تماثيل الاوشابتى وترجع إلى العصر المتأخر - مجموعة من الأقنعة الجصية للأفراد وترجع إلى العصر اليوناني الروماني - مجموعة من التوابيت الخشبية الملونة وترجع إلى العصر اليوناني الروماني - مجموعة من المومياوات الآدمية ومومياوات لحيوانات وطيور ترجع للعصر اليوناني الروماني - مجموعة ضخمة من الأواني الفخارية ذات أشكال مختلفة وترجع للفترة في ما قبل التاريخ إلى العصر اليوناني الروماني.
متحف كلية الآثار الجديد
كلية الاثار - جامعة القاهرة بصدد تأسيس متحفاً جديدا بارض بين السريات التابعة لجامعة القاهرة بعد ان حصلت علي موافقة مجلس جامعة القاهرة رقم لسنة 2013 بترميم المبني التاريخي ليصبح متحفا لكلية الآثار.
متحف الآثار الإسلامية
ويضم متحف الآثار الإسلامية مجموعة ضخمة من التحف ، جاءت إليه عن طريق الإهداء من دار الآثار العربية (متحف الفن الإسلامى حالياً) ولجنة حفظ الآثار العربية ومن بعض الشخصيات مثل على باشا إبراهيم وشريف باشا صبري وجاستون فييت والدكتور هنري أمين عوض وغيرهم هذا بالإضافة إلى ما حصل عليه المتحف من نتاج الحفائر الأثرية التي قامت بها كلية الآثار جامعة القاهرة بمدينة الفسطاط .
تمتاز مجموعات المتحف بالتنوع في عصورها التاريخية ومصادرها ، فهي تغطى أغلب فترات العصور الإسلامية في مصر بداية من القرن الأول الهجري والعصر العباسي والعصر الطولوني والفاطمي والأيوبى والمملوكي والعثماني وحتى عصر الأسرة العلوية بالإضافة إلى بعض العصور الإسلامية في بعض بلدان العالم الإسلامي ، وترجع إلى مختلف البلدان الإسلامية مثل مصر وبلاد الشام والعراق وإيران وتركيا والهند والصين وبلاد القوقاز وبلاد المغرب وإسبانيا واليمن وصقلية وغيرها.