تأسس متحف قسم علم الحيوان بكلية العلوم جامعة عين شمس مع بداية إنشاء القسم عام 1950م في عهد الدكتور كامل منصور نيروز رئيس قسم علم الحيوان آنذاك؛ ويعد هذا المتحف من أجمل المتاحف تنسيقًا واحتواءً لأكبر قدر من العينات إذا ما قورن بمتاحف الجامعات الأخرى، ويقع المتحف بالدورين الثاني والثالث بمبنى الكلية القديم (مبنى ج)، ويحتوي المتحف على عدد كبير من العينات المرجعية تمثل طوائف عديدة من المملكة الحيوانية.

• مجموعة اللافقاريات : يوجد بها أكثر من 160 عينة من اللافقاريات تشمل مجموعة الجوفمعويات والديدان بأنواعها ومفصليات الأرجل والقشريات والرخويات والجلدشوكيات؛ كما توجد مجموعة مرجعية من فونة البحر الأحمر تم جمعها أثناء دراسة التنوع البيولوجي في محمية رأس محمد بخليج العقبة وتشمل مجموعة كبيرة من الأسماك البحرية (45عينة) والشعب المرجانية (152عينة) والقشريات والرخويات والجلد وشوكيات.

• مجموعة الفقاريات: تشتمل مجموعة الفقاريات على خمس طوائف أساسية هي الأسماك والبرمائيات والزواحف والطيور والثديات وتقدر بأكثر من 500 عينة لتشمل الأسماك العظمية والغضروفية والبرمائيات والزواحف بأنواعها المختلفة من سحالي وثعابين وسلاحف وتماسيح وكذلك مجموعة كبيرة من الطيور مع نماذج من أعشاشها المختلفة وكذلك مجموعة من الثدييات التي تشمل حيوانات الكونجارو والقردة والذئاب والهياكل العظمية، وكذلك يشتمل المتحف على نماذج مجسمة لتركيب المخ وتطوره في جميع الطوائف الحيوانية وتركيب العيون والأسنان والكليتين وأيضًا عينات محفوظة لأجنة الإنسان والحيوانات المختلفة.

• مجموعة واصف المرجعية: أسس هذه المجموعة المرحوم الأستاذ الدكتور كمال ميخائيل واصف وهي تضم عدة مئات من الثدييات الصغيرة التي تم جمعها من المناطق المختلفة لجمهورية مصر العربية على مدى الخمسين عاما الماضية، وتضم المجموعة عينات من كل رتب القوارض والخفاشات وآكلات الحشرات وآكلات اللحوم والأرانب والوبريات، وقد تم حفظ بعض هذه العينات على هيئة جلود أو هياكل عظمية أو في محاليل حافظة، ويتم إضافة ما يجمع من ثدييات خلال الرحلات الحقلية البحثية إلى المجموعة باستمرار، وتمثل هذه المجموعة مراجعًا هامًا للباحثين والدارسين من كل الكليات.