حدد قانون الجمارك الجديد، عدة مهام تقوم بها مصلحة الجمارك، والتى تمثل أبرزها فى الإفراج عن البضائع الواردة والصادرة، إلى جانب جمع الضرائب والرسوم.

تتولي المصلحة أعمال الرقابة الجمركية ما يلي:

1- إتمام الإجراءات الجمركية اللازمة للتخليص والإفراج عن البضائع الواردة والصادرة والعابرة.

2- تحصيل الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عليها.

3- إدارة نظامي السماح المؤقت ورد الضريبة .

4- تطبيق القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بعمليات دخول وخروج وعبور البضائع .

كما تتولى المصلحة أعمال الرقابة الجمركية فيما يتصل بحماية حقوق الملكية الفكرية الخاصة بالبضائع على امتداد الإقليم والخط الجمركيين، كما لها أن تتخذ جميع الإجراءات التي تراها كفيلة لتأمين وتيسير حركة التجارة الدولية وذلك بالتنسيق والتعاون مع غيرها من الجهات المختصة .

وللمصلحة أن تتخذ أو تطلب من الجهات المختصة اتخاذ جميع التدابير التي تراها كفيلة بمنع التهريب، ولها أن تتبع البضائع المستوردة التي يتم عرضها للبيع عن طريق المواقع الإلكترونية ، وكذا البضائع المنقولة داخل البلاد بنظام الترانزيت غير المباشر وذلك بجميع الوسائل المتاحة بما فيها التتبع الإلكتروني، ويجوز بقرار من الوزير أو من يفوضه اتخاذ تدابير خاصة داخل نطاق الرقابة الجمركية لمراقبة بعض البضائع ، وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون إجراءات وضوابط تطبيق هذه المـادة.