يختص قانون الجمارك الجديد، بوضع آلية تنظم العلاقة بين مصلحة الجمارك والممولين فيما يخص سداد الضريبة الجمركية المحددة على البضائع، ومن ناحية أخرى حدد القانون ضوابط نقل البضائع الترانزيت وآلية عمل المستودعات الجمركية.
ونصت المادة (25) علي أن يجوز نقل البضائع الأجنبية المنشأ وفق نظام البضائع العابرة (الترانزيت) دون أن تأخذ طريق البحر سواء أدخلت هذه البضائع الحدود لتخرج مباشرة من حدود غيرها أم كانت مرسلة من أحد فروع الجمارك إلي فرع آخر بعد تقديم إحدى الضمانات التي تقبلها المصلحة .
ولا تخضع البضائع العابرة للتقييد أو الحظر إلا إذا نص علي خلاف ذلك في القوانين أو القرارات الصادرة في هذا الشأن ، ويكون الناقل مسئولاً عن كل فقد أو نقص أو تبديل في البضاعة أو تلف الأختام أو العبث بها ، وذلك دون الإخلال بمسئولية مالك البضاعة .
وتقدر الضريبة الجمركية وغيرها من الضرائب والرسوم المستحقة في تاريخ تقديم الضمان بها،وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون الإجراءات والقواعد والضمانات اللازمة لتطبيق هـذا النظـام .
ووفقا للمادة (26) يرخص بإنشاء المستودعات الجمركية بقرار من الوزير أو من يفوضه ، وللمصلحة أن ترخص بإجراء بعض العمليات علي البضائع المودعة في المستودعات بما فيها السماح بنقل ملكيـة البضـائـــــع .
وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون أنواع المستودعات ، والشروط الواجب توافرها بها ، والعمليات التي تتم بداخلها ، والبضائع التي تودع فيها بما في ذلك التي يستلزم تخزينها شروطـًا خاصة ، ومدة بقائها ، وضمانات أداء الضرائب والرسوم المستحقة ، والجعالة الواجب أداؤها للمصلحة عن مدة الترخيص ، والقواعد الأخرى المتعلقة بها .
وتؤدي الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة علي البضائع المودعة في المستودعات عند الإفـــراج النهـــائي عنهــا عـلي أسـاس أوزانهـا أو أعـــدادها أو مقاديرها أو أحجامها وقت الإيداع .
ويلتزم المرخص له باستغلال المستودع بأداء الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عن كل نقص أو ضياع أو تغيير في أوزان أو أعداد أو مقادير البضائع المودعة ، فضلاً عن الغرامات والتعويضات المنصـــوص عليهـــا في الباب التاسع مـن هـذا القـانون .
ولا تستحق الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى إذا كان النقص أو الضياع أو التغيير نتيجة لأسباب طبيعية كالتبخر أو الجفاف أو كان ناتجًا عن قوة قاهرة .
وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون قواعد ونسب النقــص والتغيـــير في البضـــائع بعد الرجوع للجهات المختصة.