يختص قانون الجمارك الجديد، بوضع آلية تنظم العلاقة بين مصلحة الجمارك والممولين فيما يخص سداد الضريبة الجمركية المحددة علي البضائع، ومن ناحية أخرى حدد القانون إلتزامات ربان السفن والوكلاء الملاحيين أثناء عملية نقل البضائع.

وألزمت المادة (47) الناقل أو ربابنة السفن وقادة الطائرات ووسائل النقل الأخرى أو وكلاؤهم الملاحيون أو من يمثلونهم أن يقدموا إلي المصلحة يدويًا أو إلكترونيًا وقبل وصول وسيلة النقل بثمان وأربعين ساعة علي الأقل المعلومات والمستندات وقوائم الشحن الخاصة بالبضائع المشحونة عليها إلي الموانئ داخل البلاد موضحًا بها البيانات المطلوبة ، وكذا قائمة الشحن العامة لحمولة وسيلة النقل ، وكشوفًا موقعة منهم بأسماء الركاب والمؤن وجميع الأشياء الخاصة بطاقم وسيلة النقل التي تخضع للضريبة الجمركية .

ومع الالتزام بوضع ما يزيد عن الاستهلاك اللازم لطاقم وسيلة النقل من التبغ والخمور وقت رسوها أو توقفها في مخزن خاص مغلق يختم بخاتم الجمرك المختص .

ويجوز تعديل تلك البيانات وتقديم ملاحق لقائمة الشحن وفقًا للشروط والمدد والإجراءات التي تحددها اللائحة التنفيذية لهذا القانون .

وحظرت المادة (48)خروج السفن والطائرات ووسائل النقل المختلفة من موانئ الجمهورية مشحونة أو فارغة إلا بموافقة المصلحة وبعد تقديم قائمة الشحن .

ونصت المادة (49) علي أن يلتزم ربابنة السفن وقادة الطائرات ووسائل النقل الأخرى أو الوكلاء الملاحيون أو من يمثلونهم بتفريغ البضائع مطابقة لمقاديرها وعدد الطرود ومحتوياتها المدرجة بقائمة الشحن وذلك لحين تسليمها كاملة في المخازن أو المستودعات أو إلي أصحاب الشأن .

ولا يعتبر الأشخاص الوارد ذكرهم بالفقرة الأولي من هذه المـادة مخالفين لهذا الالتزام في أي من الأحوال الآتية :

١ - إذا كانت البضائع أو الطرود الناقصة لم تشحن أصلاً من ميناء الشحن .

٢ - إذا شحنت البضائع أو الطرود إلا أنها لم تفرغ في البلاد أو فرغت خارجها .

٣ - إذا سلمت الطرود بحالة ظاهرية سليمة يرجح معها حدوث النقص قبل الشحن .

٤ - إذا سلمت الحاويات بأختام سليمة وأرقام مطابقة لمـا هو مدون بسند الشحن .

٥ - إذا كانت عنابر السفينة المشحونة ببضائع صب مغلقة بأختام سليمة وأرقام مطابقة لمـا هو مدون بسند الشحن . ويتعـين أن يكون تبرير النقــص في الحـالتين المنصوص عليهما في البنـــدين (١ ، ٢) من الفقرة الثانية من هذه المـادة بمستندات تقبلها المصلحة وذلك خلال مدة لا تجاوز شهرًا من تاريخ اكتشاف النقص .

وتحدد اللائحـــة التنفـــيذية لهذا القـــانون نسب التسامح في البضـــائع الصــب زيـــادة أو نقصًا ، وكذلك النقص الجزئي في البضائع الناشئ عن عوامل طبيعية أو نتيجة لضعف الأغلفة وانسياب محتوياتها ، ويجوز للمصلحة الاستعانة بآراء الجهات المختصة أو ذوي الخبرة عند الضرورة .