يُعد أشهر وأهم شيئ قدمه الدكتور مصطفى محمود هو برنامجه الشهير العلم والإيمان، ويروى مصطفى محمود أنه عندما عرض على التليفزيون المصري مشروع برنامج العلم والإيمان، وافق التليفزيون راصدًا 30 جنيها للحلقة فقط، وهو مبلغ ضئيل جداً كتكلفة لبرنامج تلفزيوني في ذلك الوقت، وبذلك كان مقرر للمشروع أن يفشل منذ بدايته.

وواجهت البرنامج أزمة في عام 1976، بسبب نفاد الأفلام التي تتضمن اللقطات التي كان يستعين بها مصطفى محمود، مما جعله يسافر لإحضار شرائط جديدة، على نفقته الخاصة خوفًا من توقف البرنامج، إلى أن تحمست شركة إنتاج الرياض للإنتاج الإعلامي للبرنامج، وتولت إنتاجه ورصدت 300 جنيه للحلقة الواحدة.

إلا أن أحد رجال الأعمال علم بالموضوع فأنتج البرنامج على نفقته الخاصة ليصبح من أشهر البرامج التلفازية وأوسعها انتشاراً على الإطلاق، ولا زال الجميع يذكرونه سهرة الإثنين الساعة التاسعة ومقدمة الناى الحزينة في البرنامج وإفتتاحية مصطفى محمود "أهلا بيكم".

معجزة الماء

وقال الدكتور مصطفى محمود في أولى حلقات برنامجه وكانت "معجزة الماء" أحلى شيء في الدنيا طعم الماية في فم عطشان، الماية كانت زمان بتعبد، في الديانات القديمة كانوا بيعبدوا الشمس والقمر والنار، وبعض الديانات كانت تعبد الماء، في الواقع الماية عجيبة من عجائب الدنيا السبع، ويمكن أعجب ما في الكون كله..."