ودارت أحداث الموسم الخامس من المسلسل بعد مرور سبع سنوات على خبر وفاة مايكل سكوفيلد المزيف، يظهر مايكل من جديد في سجن أوجيجيا في صنعاء، تحت اسم "كانيل أوتيس"، على أنه إرهابي داعم لتنظيم داعش.

ومع اجتياح الحرب لليمن، اثنين من أصدقاء مايكل القدامى وشقيقه لينكولن بوروز، وزميله الفار من سجن فوكس ريفر "سي-نوت" يخاطرون بحياتهم من خلال سفرهم إلى اليمن لإعادة مايكل إلى الوطن، وفي الولايات المتحدة، تتزوج سارة، من عميل سري يعرف باسم "بوسيدون"، المسئول عن اختفاء مايكل وتزوير خبر وفاته.