ولعب فاروق جعفر في فرق الناشئين وتدرب على يد مدربين كثيرين منهم هلال قدرى وحمادة الشرقاوى وسمير قطب. في عام 1969 وكان عمره 17 عاما لعب الزمالك امام السكة وكان الزمالك مهزوما بثلاثه اهداف ولعب جعفر في نهاية المباراة واحرز الزمالك التعادل بعد أن سجل فاروق هدفين وبعدها انضم للفريق الأول ولعب أول مباراة امام مصنع36 وفاز الزمالك باربعة اهداف واحرز فاروق هدفين بعدها لعب أول مباراة رسمية امام المحلة وشارك في مركز الظهير الأيمن بدلا من يكن الكبير وانضم للمنتخب الوطني في نفس العام لكنه لم يلعب رسميا الا عام 1970 وكانت المباراة امام يوغوسلافيا

فاروق عرفته الجماهير في مباراة القمة التي لم تكتمل عام 1972 وكانت النتيجة 2/1 للزمالك وكان الحكم قداحتسب ضربة جزاء سجل منها فاروق جعفر هدفا في مرمى مروان كنفانى الذي اشار لجماهير الاهلى بنزولها ارض الملعب ولم تكتمل المباراة وتوقفت المسابقة طويلا