ولد نيافة الأنبا رافائيل باسم ميشيل عريان الحكيم في حي شبرا بمحافظة القاهرة في 6 مايو 1958، والتحق بكلية الطب بجامعة عين شمس، وحصل على درجة البكالوريوس عام 1981، وعمل طبيبا لفترة قبل أن يتخذ قرار الرهبنة ويتوجه إلى الدير.

وخلال هذه الفترة التحق بالكلية الإكليركية بالقاهرة، وتخرج منها بعد حصوله علي بكالوريوس الكلية الإكليريكية عام 1984.

والتحق بدير السيدة العذراء مريم البرموس بوادي النطرون، حيث تمت سيامته راهبا باسم "الراهب يسطس البرموسي" في 28 فبراير 1990، وتمت سيامته أسقفا عاما بيد مثلث الرحمات قداسة البابا شنوده الثالث في 15 يونيو عام 1997 باسم "الأنبا رافائيل"، ليكون "أسقف عام" لكنائس وسط القاهرة وبعدها تم اختياره سكرتيرا للمجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية.

وعقب نياحة البابا شنوده الثالث تمت تزكيته في الانتخابات البابوية، ليصل إلى القرعة الهيكلية بصحبة الأنبا تواضروس والقمص رافائيل أفا مينا، ليتم إعلان الأنبا تواضروس الثاني بابا وبطريرك للكنيسة القبطية الأرثوذكسية والبابا رقم 118 في تاريخ بابوات الإسكندرية.