نفى الحبيب على الجفري، ما يثار حوله كثيرا على مواقع التواصل الاجتماعي، اتباعه للمنهج الشيعي قائلا "أنا سني أشعري العقيدة شافعي الفقه محب لأهل التصوف".
وقال الجفري في محاضرة له بإحدى الجامعات المصرية، إن عقيدة أهل السنة والجماعة نابعة من المنهج الأشعري والماتريدية، منوها بأن مسألة اتباعه المنهج الشيعي لها قصة أحدثت مشكلة وإثارة البلبلة عليه، وهو أن بعض الناس الذين لا يجدون سبيلا للنقاش الراقي يتوجهون للطعن في الشخص المخالف بالكذب والغش فعندهم فتوى غريبة تقول "جواز الكذب على المبتدع لإسقاطه".
وأشار إلى أن من أشاع هذه الشائعة فعلا هم بعض أتباع الشيعة نفسهم وبعد ذلك حملوها السلفية والإخوان.