رغم تسميته بالمسجد الصيني إلا انه لا توجد في مكونات بنائه أي شئ تم استيراده من الصين، وترجع تسميته بهذا الاسم إلي بلاطات القيشاني التي تزين واجهة قبلة المسجد، وبعض أجزاء من جدرانه والتي كانت سائدة في العصر المملوكي والعثماني، وتم إنشاء المسجد على يد محمد بك الفقاري احد أمراء المماليك في عام 1117 هجرية 1705 ميلاديه بمديرية جرجا مقرا الحكم أيام الدولة العثمانية لإقليم جنوب الصعيد الممتد من المنيا شمالا وحتي أسوان جنوبا.

يقع المسجد في منطقة القيسارية شرق مدينة جرجا، وتعد المنطقة هي الأقدم في المدينة وبني المسجد في منطقة مرتفعة كي لا يتأثر بفيضان النيل آن ذاك، وبنيت جدرانه بالطوب المحروق فيما عدا كتلة المدخل الرئيسي الموجود بالجهة الشمالية بنيت بالحجر ويبلغ سمك كل جدار من جدران المسجد حوالي متر.

وسمى المسجد الصيني بهذا الاسم نسبة إلى الجدران الداخلية المغطاة بالقيشانى وكانت هذه التغطية سائدة في العصر الملوكى والعثماني، وأعمدة وسقف المسجد من الخشب وبه 22 عمودا في 5 صفوف، والأعمدة الخشبية تعتبر من الفنون التي دخلت البلاد علي يد الأتراك العثمانيين.

والمسجد يعكس فن العمارة العثمانية وبه 4 أروقة تحيط بصحن مكشوف في الوسط، وبنيت واجهة المسجد من الحجر وبابه وسقفه من الخشب ويوجد أعلي الجدران فتحات للتهوية وإدخال الضوء والمنبر من الخشب وبه مقصورة خشبية تقع في مؤخرة المسجد مخصصة للنساء.

وهناك اعتقاد خاطئ لدي عدد من أبناء مدينة جرجا أن من بني المسجد الصيني هو احد ملوك الصين، لكن من بني المسجد هو الأمير محمد بك الفقارى حاكم إقليم الصعيد بمديرية جرجا، وقد تم تجديده في عام 1202 هجرية، والمسجد الصيني يعتبر أول مسجد تم إنشاؤه في مديرية جرجا بهذا الحجم والطراز، وان كان قد سيقته مساجد تم تدميرها بسبب فيضان النيل علي مر العصور.

وتم بناء المسجد الصيني في مكان مرتفع بعيدا عن فيضان النيل، والمسجد الصيني له مكانة خاصة فى قلوب أبناء جرجا، نظرا لارتباط كثير من الأولياء والصالحين وعلماء الدين بالمسجد والحرص علي صلاة أوقاتهم بداخله، ووزارة الأوقاف قامت بتجديد دورات مياه المسجد وبنائها عل الطراز الحديث كما تم إجراء بعض الإصلاحات بالمسجد وعلاج بعض التصدعات في الجدران منذ عامين.